Remake de Battlefield 1942, Battlefield 1943 prend peu de risques côté modes de jeu, on retrouve le classique mode Conquête qui a fait les beaux jours de la série, et une petite nouveauté tout de même avec le mode Supériorité Aérienne malheureusement jouable sur seulement une map.
Fer de lance de la série, le mode Conquête est le principal mode de Battlefield depuis le premier épisode, on le retrouve donc logiquement dans Battlefield 1943.
L'objectif est toujours de capturer et de tenir le maximum de drapeaux présents sur le champ de bataille, chaque drapeau représentant une position stratégique offrant un point de réapparition supplémentaire et potentiellement divers véhicules.
Chaque équipe dispose d'un même nombre de points de renforts en début de partie, un point est retiré à chaque fois qu'un soldat tué réapparaît sur le champ de bataille. L'équipe qui tient le moins de drapeaux voit ses points diminuer plus vite, il est donc nécessaire de tenir le plus de drapeaux possible.
Sur chacune des 3 cartes jouables en mode Conquête, les équipes démarrent sur leur porte-avions ou leur base respectives, ces points de réapparition sont imprenables et indestructibles. Les équipes doivent ensuite capturer et tenir les 5 drapeaux neutres.
Nouveau mode de jeu introduit dans Battlefield 1943, la Supériorité Aérienne fait directement référence aux batailles historiques du théâtre Pacifique comme la Bataille de la Mer de Corail ou la Bataille de Midway.
Uniquement jouable sur la carte Coral Sea, le mode Supériorité Aérienne autorise pour seuls véhicules les avions de combat, le F4U Corsair côté américain et le A6M Zero côté japonais.
Chaque équipe dispose de 2 portes-avions et doit prendre le contrôle de la zone située au centre de la carte en la survolant et en éliminant tous les appareils ennemis s'y trouvant.
Chaque porte-avions dispose également de batteries anti-aériennes permettant de repousser les adversaires s'approchant d'un peu trop près. Des canons anti-aériens permet surtout d'éviter le spawnkill inhérent à ce genre de mode.